La Biblioteca Franciscana de Santo Espíritu contiene alrededor de unas 80.000 obras y está enfocada a ser una biblioteca referencia del mundo franciscano dentro de la
zona levantina. Desde principio del año 2015 se está llevando a cabo la reordenación y catalogación de la biblioteca, proyecto que se encuentra encuadrado dentro de la creación de un catalogo colectivo de Bibliotecas Franciscanas de la nueva Provincia Franciscana de la Inmaculada Concepción.

Dentro de la biblioteca encontramos un total de 42 incunables catalogados por Simon Zuska Polasek, descripción que se publicó en el número de Octubre-Diciembre de 1980 de la revista Archivo Ibero-Americano. También hay que destacar el Fondo Antiguo, donde podemos encontrar obras de Luis Vives o Gregori Mayans y un amplio número de obras de predicación, sermones e historia de la vida franciscana dentro de la región de Valencia.